Voilà, j'ai fini de peser. Ça me permettra de savoir la biomasse sèche produite par chacune des plantes pour les 3 organes (feuilles/tiges/racines), mais aussi de connaître la teneur en eau (sachant que j'ai pesé la masse fraîche avant séchage).
Parlons du projet maintenant 🔽🔽 Le titre de ma thèse est : "Exploration de la résistance à la salinité de Amaranthus cruentus en relation avec ses propriétés nutritionnelles : un destin prometteur pour une ancienne plante"

Bonjour ! C'est @Hcomosa aux commandes de ce compte en direct depuis le Earth and Life Institute @ELI_UCLouvain à l'@UCLouvain_be à Louvain la Neuve. 🇧🇪 J'y suis doctorant en physiologie végétale ; je travaille sur cette merveilleuse plante, l'amaranthe rouge (Amaranthus cruentus).

D'autres exemples sur l'utilisation de données WGS en sécurité sanitaire : Par exemple, les Danois ont découvert qu'ils avaient des persistances géographiques de certains types de génome de S.Dublin. Ils ont donc des souches qui sont sur le sol danois depuis 20 ans et qui continuent de causer des épidémies. C'est fou non ?

Aujourd'hui, je vais enfin parler de mon domaine : la bio-informatique génomique en sécurité alimentaire ! Je parlerais (enfin) de ma thèse demain, mais aujourd'hui, je voulais vraiment prendre du temps pour introduire le sujet. Hier, on a pu voir comment était résolu les enquêtes épidémiologiques. Aujourd'hui, je vais vous montrer qu'est-ce que les données WGS peuvent apporter aux analyses.

Petit point serovar : hier je vous ais expliqué ce que c'était un sérovar, mais comment on le détermine ? l y a plusieurs méthodes afin de déterminer microbiologiquement le sérovar d'une Salmonella. PFGE, PCR...je ne vais pas tous les décrire parce que le thread devient long, mais je vais parler de la méthode de référence utilisé par mon laboratoire d'accueil.

Hello hello,
Aujourd'hui comme annoncé, je vais parler de sécurité sanitaire et de caractérisation des Salmonelles.
Je voulais absolument présenter ça avec un exemple concret, et ça a été difficile de trouver quelque chose de bien décrit et publié officiellement en France. Je vais donc raconter une investigation de cas groupés de Salmonella datant de 2012. C'est un peu vieux, mais l'investigation a très bien été décrite et je ne risque pas de divulguer des informations sensibles 😅

Comme promis, voici le thread sur les salmonelles ! Ici, je vais décrire rapidement les salmonelles et les classifications des salmonelles 😉

Alors la Salmonella, c'est quoi ? 🦠 Entérobactérie ✅ Bacilles avec des flagelles péritriches (tout autour de la cellule) ✅Gram négatif ✅ 0,7 à 1,5 μm de diamètre✅Superbe photo coloré d'une Salmonelle en contact avec une cellule✅ (crédit NIAID)

Dans ce thread, je vais vous parler un peu de mon parcours et comment j'en suis arrivée à faire de la bio-informatique. Il y a deux types de bio-informaticien : les bio-informaticiens de formation et les bio-informaticiens qui ont appris "sur le tas". Moi, je suis de formation. J'ai commencé à m'y intéresser en terminale quand il fallait choisir son avenir.

J'aimais bien la biologie, et j'avais commencé à faire un peu d'informatique avec l'option "informatique sciences du numérique" (ISN) qui venait d'être mis en place.

Je vais commencer la journée en vous expliquant un peu ce qu'est la bioinformatique : Comme @jessica_compbio l'a très bien expliqué, la bioinformatique est une discipline qui se place à l'interface de la biologie et de l'informatique dont l'objectif est de résoudre des problématiques biologiques avec l'utilisation d'outils informatiques .

Bonjour à tous :)
Je suis Madeleine De Sousa, doctorante CIFRE à ACTALIA et @Anses_fr dans le laboratoire de sécurité des aliments. Je suis bio-informaticienne et je travaille sur la génomique des salmonelles🦠.
J'espère que vous passerez une bonne semaine en ma compagnie👩‍🔬. Thread sur la bio-informatique :

https://twitter.com/laBioauLabo/status/1323204577357910017?s=20

Et les oiseaux dans tout ça ?
C'est parti pour l'anecdote communication animale 6⃣:
La syntaxe chez les mésanges Tout d'abord, petit rappel linguistique:
La syntaxe, c'est le fait de combiner des éléments en structures. Le sens de la combinaison dépend de celui des éléments mais aussi des règles de combinaison.

Je vous propose de vous évader de l'actualité étouffante et de vous évader dans les eaux des Océans Pacifiques, écouter les géants.
C'est parti pour l'anecdote communication animale 5⃣: les hits de l'été chez les baleines Comme vous le savez, les baleines chantent. En fait, que les mâles. Et au sein d'une population, les mâles chantent tous le même chant, qui change d'une année à l'autre. Ce chant est transmis d'individu en individu : on parle de culture animale.

Anecdote communication animale 4⃣ :
Les gestes humains et non-humains 🦍 Est-ce que vous saviez que les grands-singes (gorilles, bonobos, chimpanzés et orangs outangs) communiquaient avec des gestes ?

Regardez par exemple ce bonobo qui invite un autre bonobo à le rejoindre...
vimeo.com/215992926?ref=…

Anecdote communication animale 3⃣:
Chaser le chien aux 1000 mots On quitte un peu la communication naturelle des animaux et on explore les capacités linguistiques incroyables qu'ils peuvent démontrer lorsqu'on les challenge un peu !

Anecdote communication animale numéro 2⃣ :
Les chimpanzés, les dialectes et les pommes. On reste un peu dans le sujet "est-ce que les cris ont un sens", je vais vous présenter ça comme une anecdote, que je trouve vraiment cool.

L'histoire, en bref :

Anecdote communication animale numéro 1⃣ :
Les singes vervets Je commence par une anecdote incontournable en communication animale.
C'est une étude qui a littéralement lancé le domaine, dans les années 70, menée principalement par Robert Seyfarth et Doroty Cheney (un des couples de primatologues les plus emblématiques)

On a oublié de parler d'un point important dans ce thread !
Vous avez vu que je nomme souvent les singes en photo... et ce n'est pas une blague, ce sont leurs "vrais" noms !
Mais comment fait-on pour les reconnaître ?

https://twitter.com/laBioauLabo/status/1321098749297500165

Comme on le disait, les singes vivent en groupe de 3-6 individus sur un territoire de 9ha. Il est donc facile de savoir quel groupe on suit, simplement en regardant à quel endroit de la forêt on se trouve, même si les territoires se recoupent un peu à certains endroits.

On a vu depuis hier ce qu'est la vie d'un primatologue de terrain. Demain, on verra plus en détail la communication chez les animaux, pourquoi on l'étudie et quels résultats on a obtenus. Mais en attendant, un petit quizz / thread titis ! Le but est de bien ancrer l'écologie/les caractéristiques de cette espèce afin que vous compreniez mieux demain les résultats de nos études sur leurs vocalisations.
Comme hier, vous pouvez répondre aux questions et comptez vos points avec les réponses à la fin.
C'est parti !

Bonjour à tous !
Avant d'attaquer la journée spéciale titis 🐒 dont vous rêvez tous, un petit thread sur la routine de travail du primatologue de terrain. Notre travail est divisé en deux grandes phases: le terrain et le labo.
Le terrain, comme nous l'avons vu hier, sert à collecter les données. Le labo sert à les analyser et écrire les rapports.
On attaque donc en douceur avec la routine "terrain" :

Pour finir cette semaine, quelques réflexions sur le métier de chercheur et l'évolution de la vision ce métier au cours de ma progression. Je me suis dit que c'était important parce qu'une amie post-doc m'a envoyé ce titre d'article sur WhatsApp. "Je ne peux pas croire qu'ils me paient pour m'amuser : le privilège d'être un scientifique"

Comme promis, on en vient au cœur de mon sujet de recherche. Je vais vous parler bactéries, neurones et transit intestinal. Maintenant vous savez tout sur le microbiote et le système nerveux entérique. Fun fact: les deux se trouvent quasiment au même endroit. N'y aurait-il pas une interaction entre les deux?